Dzień po śmierci Jana Pawła II, 3 kwietnia, jego ciało wystawiono w Sali Klementyńskiej w Watykanie. Później w Bazylice Świętego Piotra ostatni hołd mogli mu oddać dostojnicy państwowi i kościelni oraz zwykli ludzie, którzy ustawiali się w wielokilometrowych kolejkach.
Pogrzeb Jana Pawła II odbył się 6 dni po jego śmierci, w piątek 8 kwietnia 2005 roku. Mszę żałobną odprawiono przed Bazyliką Świętego Piotra. Podczas niezwykle wzruszającej mszy żałobnej szczególne emocje wzbudziły słowa kardynała Josefa Ratzingera wygłoszone podczas homilii: Możemy być pewni, że nasz umiłowany Papież stoi obecnie w oknie domu Ojca, spogląda na nas i nam błogosławi. Tak, błogosław nam, Ojcze Święty.
W uroczystościach pogrzebowych na Placu Świętego Piotra w Watykanie wzięło udział około miliona wiernych. Papież Jan Paweł II został pochowany w Grotach Watykańskich pod Bazyliką Świętego Piotra. W tej części obrzędu wzięli udział tylko jego najbliżsi współpracownicy. Na płycie nagrobnej wyryto imiona zmarłego po łacinie oraz lata, w których żył i kierował Kościołem. Zaraz potem zaczęto mówić o rychłej beatyfikacji polskiego papieża.
