Papież był zdenerwowany, gdy poznał porażające szczegóły przeszłości Stanisława Wielgusa – potwierdzili watykańscy eksperci. Największe wzburzenie Benedykta XVI miał wywołać fakt, że pełną wiedzę posiadł jako ostatni.

Przed papieżem miano zataić ujawniane przez media zarzuty wobec duchownego dotyczące jego współpracy z SB. Podobne przypuszczenia wysuwa Jarosław Gowin - były redaktor naczelny miesięcznika "Znak":

Pojawiają się głosy, że odpowiedzialność może ponieść nuncjatura w Warszawie.

Arcybiskup Wielgus zrezygnował z funkcji metropolity warszawskiego, w związku z oskarżeniami o współpracę z SB. Watykan przyjął jego rezygnację. W wydanym później oświadczeniu ocenił tę decyzję jako słuszną.