Rok później 1 listopada 1946 roku, po ukończeniu studiów teologicznych, Karol Wojtyła otrzymuje święcenia kapłańskie. Już następnego dnia celebruje swą mszę prymicyjną w Krypcie św. Leonarda w Katedrze na Wawelu. Kilkanaście dni później Karol Wojtyła opuszcza Polskę. Od tego momentu przez dwa lata kontynuuje studia filozoficzne w Rzymie.
19 czerwca 1948 broni pracy doktorskiej: "Pojęcie wiary u św. Jana od Krzyża" w Rzymskim Uniwersytecie Dominikańskim "Angelicum". Ale aby doktorat został formalnie uznany, należało ogłosić pracę drukiem. Wojtyły nie było jednak na to stać (polskie tłumaczenie pracy doktorskiej ukazało się w 1990 r.). Przebywa również we Francji, Belgii i Holandii, prowadząc pracę duszpasterską wśród Polonii.
Po powrocie do kraju w 1948 roku zostaje wikariuszem w parafii Niegowić w powiecie bocheńskim, a rok później - w parafii św. Floriana w Krakowie. 16 grudnia 1948 - promocja doktorska na podstawie pracy przedstawionej w Rzymie. W marcu 1949 Wojtyła debiutuje w "Tygodniku Powszechnym" artykułem "Mission de France" - o początkach działalności księży-robotników, inicjatywie później bardzo kontrowersyjnej. Pięć lat później habilituje się na Wydziale Teologicznym UJ na podstawie rozprawy "O możliwości zbudowania etyki katolickiej w oparciu o system Maxa Schelera", która ukazała się drukiem w 1959 roku.
W 1953 roku Karol Wojtyła zostaje wykładowcą teologii moralnej i etyki społecznej w krakowskim Seminarium Duchownym, a w następnym roku rozpoczyna pracę na Wydziale Filozoficznym Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego jako kierownik Katedry i Zakładu Etyki. Trzy lata potem zostaje zastępcą profesora tej uczelni, a po roku otrzymuje docenturę.
W latach 1958-1978 jest wykładowcą na KUL. 8 lipca 1958 Karol Wojtyla zostaje mianowany, przez ówczesnego papieża Piusa XII krakowskim biskupem pomocniczym i - w wieku 38 lat - staje się najmłodszym członkiem Episkopatu Polski. Po śmierci abpa Eugeniusza Baziaka, 16 lipca 1962 - bp Wojtyła zostaje wikariuszem kapitulnym, czyli tymczasowym rządcą archidiecezji krakowskiej. Rok później Wojtyła zostaje arcybiskupem metropolitą krakowskim, a w czerwcu 1967 otrzymuje kapelusz kardynalski.
