W oryginalnym sudoku, tablicę 9 na 9 trzeba wypełnić cyframi od 1 do 9 tak, by w żadnej kolumnie i wierszu oraz żadnym z 9 wewnętrznych kwadratów 3 na 3 cyfry się nie powtarzały. Studenci z Tokio uprościli zagadkę, 16 odmiennych genetycznie typów bakterii E. coli umieścili w 16 kwadratach planszy 4 na 4. Każda kolonia mogła przybrać jeden z czterech kolorów, którym przypisano cyfry od 1 do 4.
Po rozpoczęciu eksperymentu kolonie mogły się mieszać i wymieniać między sobą informację genetyczną. Zaprogramowano je jednak tak, by mogły przyjmować informacje tylko od bakterii z tych samych kolumn lub wierszy i nie mogły przybrać koloru bakterii, od której informacje przyjmują. Tak zbudowany układ biologiczny zadziałał poprawnie i wszystkie kolonie przybrały kolory rozwiązujące zagadkę.
Japończycy zrealizowali swój pomysł w ramach finansowanego przez Unię Europejską programu Bactocom, zmierzającego do stworzenia biochemicznych układów obliczeniowych. Jak się przewiduje, w wielu przypadkach takie układy mogą się okazać szybsze od nas. Na szczęście, to wciąż my, ludzie, musimy je zaprogramować, a nie odwrotnie.