Djukanović został premierem Czarnogóry w roku 1991 w wieku zaledwie 29 lat. Z funkcji tej zrezygnował w roku 2006, ale w półtora roku później, gdy jego następca poważnie zachorował, ponownie stanął na czele rządu.
Zdaniem oponentów, Djukanović niewiele uczynił dla zwalczenia zorganizowanej przestępczości i korupcji, która hamuje proces integracji Czarnogóry z UE. Jednak zarówno zwolennicy jak i przeciwnicy doceniają jego rolę w zerwaniu unii państwowej z Serbią w 2006 roku.