Do czasu wyłonienia w konkursie nowego szefa Agencji obowiązki ma pełnić obecny wiceprezes ARiMR Zbigniew Banaszkiewicz. 53-latek ukończył Wydział Transportu Politechniki Radomskiej. Wiceprezesem ARiMR jest od lutego 2009 roku.
38-letni Tomasz Kołodziej był prezesem ARiMR od marca 2009. Został mianowany na to stanowisko, gdy ministrem rolnictwa był Marek Sawicki. Nie wiadomo, z jakich powodów premier Donald Tusk odwołał Tomasz Kołodzieja z funkcji prezesa ARiMR.