Amaral został odsunięty od śledztwa w sprawie zaginięcia 4-letniej Madeleine w październiku 2007 roku za krytykowanie brytyjskiej policji. Po umorzeniu śledztwa z braku dowodów podkreślał, że decyzja wymiaru sprawiedliwości nie oznacza niewinności rodziców dziewczynki, Kate i Gerry’ego McCann. Jego zdaniem, Madeleine nie żyje, a zginęła w apartamencie hotelowym, z którego – zdaniem rodziców – miała zostać porwana. Amaral uważa, że państwo McCann sami przyczynili się do śmierci Madeleine, a później zacierali ślady.
Dziewczynka zaginęła w maju 2007 roku z hotelowego pokoju. W tym czasie rodzice jedli kolację z przyjaciółmi w pobliskiej restauracji. Małej Brytyjki szukał cały świat. W poniedziałek portugalska policja umorzyła śledztwo.
