Poznańska prokuratura okręgowa chce mu postawić zarzut nielegalnego zakopania szczątków zwierzęcych na polach. Zarzuty byłemu senatorowi chce postawić też prokuratura w Chodzieży. Śledczy ustalili, że Stokłosa złożył fałszywe oświadczenie w komisji wyborczej.
Na początku lutego warszawska prokuratura wysłała międzynarodowy list gończy za Henrykiem Stokłosą. Były senator jest oskarżany o udział w aferze korupcyjnej w Ministerstwie Finansów.