Jaskinia El Mirador to prawdziwy skarbiec informacji o dawnych zwyczajach pogrzebowych. Od neolitu przez epokę miedzi po epokę brązu, miejsce to służyło zarówno jako schronienie dla ludzi i zwierząt, jak i nekropolia. Archeolodzy wyróżnili cztery główne zbiory archeologiczne: od indywidualnych pochówków, przez zbiory kości, aż po szczątki przemieszane z odpadkami z codziennego życia.
Pierwsze sensacyjne znaleziska pojawiły się już na początku XXI wieku, kiedy to w warstwie datowanej na wczesną epokę brązu (ok. 4600–4100 lat temu) odnaleziono szczątki sześciu osób noszących wyraźne ślady kanibalistycznego traktowania. Jednak to późniejsze wykopaliska przyniosły jeszcze bardziej zaskakujące rezultaty – w głębszych, starszych warstwach natrafiono na kolejne szczątki, których analiza wykazała podobne, celowe modyfikacje.
Wśród ponad 5000 ludzkich szczątków zidentyfikowano grupę 650 kości noszących ślady takiego celowego przetwarzania – cięcia, łamania, wypalania, polerowania, a nawet ślady ludzkich zębów. Te znaleziska nie pozostawiają wątpliwości: mamy do czynienia z przypadkami rozczłonkowywania i konsumpcji ludzkiego mięsa.
Zastosowanie nowoczesnych metod, takich jak analiza izotopów strontu (87Sr/86Sr), pozwoliło ustalić, że ofiary kanibalizmu pochodziły z lokalnej społeczności. Z kolei precyzyjne datowanie radiowęglowe wskazało na jedno, wyraźnie odizolowane wydarzenie sprzed około 5700–5570 lat, które nie miało związku z późniejszymi praktykami z epoki brązu.
Co skłoniło dawnych rolników do tak drastycznych praktyk? Naukowcy rozważają kilka hipotez. Pierwsza z nich zakłada, że kanibalizm mógł być elementem rytuałów pogrzebowych - symbolicznym aktem "przyjęcia" zmarłego przez wspólnotę. Jednak analiza demograficzna ofiar oraz jednorazowy charakter zdarzenia nie potwierdzają tej teorii. Druga hipoteza - kanibalizm jako reakcja na głód - również wydaje się mało prawdopodobna. Badania środowiskowe i analiza diety mieszkańców El Mirador nie wykazały oznak długotrwałego kryzysu żywnościowego.
Najbardziej prawdopodobna wydaje się trzecia możliwość: kanibalizm jako efekt przemocy międzygrupowej. W neolicie, okresie wielkich przemian społecznych i demograficznych, konflikty o ziemię i zasoby były na porządku dziennym. Masakry całych społeczności, udokumentowane także w innych częściach Europy, często kończyły się nie tylko śmiercią, ale i rytualnym potraktowaniem ciał ofiar. W El Mirador brak bezpośrednich śladów urazów zadanych przed śmiercią, jednak sposób potraktowania ciał - rozczłonkowanie, łamanie kości w celu wydobycia szpiku, ślady zębów - wskazuje na zorganizowaną, celową konsumpcję.
Odkrycia z El Mirador wpisują się w szerszy europejski kontekst. Podobne przypadki znane są m.in. z Herxheim w Niemczech czy Fontbrégoua we Francji, gdzie kanibalizm interpretowany jest zarówno jako element rytuałów, jak i efekt brutalnych konfliktów. W każdym z tych miejsc, tak jak w El Mirador, kanibalizm nie był codzienną praktyką, lecz raczej odpowiedzią na wyjątkowe, często tragiczne okoliczności.