W Stolicy Apostolskiej zasłynął przygotowaniem do publikacji trzeciej tajemnicy fatimskiej, która odnosiła się do zamachu na Jana Pawła II, do którego doszło 13 maja 1981 r.
Bertone, mianowany w 2002 r. arcybiskupem Genui, był bliskim współpracownikiem Jana Pawła II i kardynała Josepha Ratzingera, gdy ten stał na czele watykańskiej Kongregacji Nauki Wiary. Do godności kardynalskiej został podniesiony w 2003 r.
