Od momentu ujawnienia pod koniec stycznia ubiegłego roku tzw. afery Kerviela, w wyniku której francuski bank stracił około 4,9 mld euro, Bouton pozostawał pod obstrzałem krytyki. Jego dymisji domagał się wtedy w publicznych wypowiedziach sam prezydent Nicolas Sarkozy.
W maju ubiegłego roku Bouton wycofał się z bezpośredniego kierowania firmą, ale pozostał szefem jego rady nadzorczej. Obecna decyzja oznacza, że definitywnie odchodzi z banku.