Ze względów formalnych nie udało się rozpocząć procesu, w którym służby skarbowe domagają się od archidiecezji gdańskiej zwrotu nienależnie - zdaniem skarbówki - wypłaconych odsetek kościelnemu wydawnictwu Stella Maris. Reprezentująca w tej sprawie gdański Urząd Skarbowy Prokuratoria Generalna złożyła pozew cywilny o zwrot prawie 6,7 mln zł odsetek, które w marcu 2007 roku zostały wypłacone kościelnemu wydawnictwu.
Przed rozpoczęciem procesu gdański sąd zajął się wnioskiem prawników reprezentujących archidiecezję. Według nich sprawa ewentualnego zwrotu odsetek powinna być rozstrzygana nie w postępowaniu cywilnym, ale na drodze administracyjnej. Sąd oddalił wniosek. Prawnicy archidiecezji poprosili o odroczenie rozprawy do momentu uprawomocnienia się decyzji sądu. Najprawdopodobniej złożą oni zażalenie na takie rozstrzygnięcie sądu. Rozprawa została odroczona.
Sprawa wiąże się z kwotą ok. 14 mln zł, które w marcu 2007 roku gdański urząd kontroli skarbowej wypłacił Stella Maris jako zwrot podatku VAT i odsetki (sam podatek wyniósł ponad 7 mln zł, odsetki - prawie 7 mln zł) za transakcje przeprowadzone przez tę kościelną firmę między 1999 a 2002 rokiem. Pozew dotyczy znacznej części, bo prawie 6,7 mln zł, wypłaconych wydawnictwu odsetek. Zdaniem Prokuratorii Generalnej odsetki zostały niesłusznie zawyżone. Powinny one zostać naliczone za okres kilku miesięcy - od momentu stwierdzenia nadpłaty przez wydawnictwo, a naliczono je za okres kilku lat - od momentu wpłaty przez wydawnictwo podatku VAT - wyjaśnia Piotr Kaczorkiewicz z Prokuratorii.
Jest możliwe, że w przyszłości Prokuratoria zażąda od archidiecezji zwrotu nie tylko odsetek od podatku, ale też samego podatku VAT. Przed gdańskim sądem od września 2008 r. toczy się bowiem proces ws. afery Stella Maris. Oskarżonymi są: 61-letni b. kapelan abp. Tadeusza Gocłowskiego i jego pełnomocnik w Stella Maris, ks. Z.B. (sąd pozwolił jedynie na podawanie inicjałów oskarżonych) oraz 46-letni b. dyrektor wydawnictwa, syn znanego trójmiejskiego adwokata T.W. Na ławie oskarżonych zasiada też m.in. współwłaściciel dwóch firm konsultingowych z Gdyni J.B., który w latach PRL był pracownikiem cenzury.
Wszyscy odpowiadają przed sądem za współudział w przywłaszczeniu mienia ponad 20 spółek handlowych na kwotę ponad 67 mln zł, pranie pieniędzy oraz uszczuplenia podatkowe na szkodę Skarbu Państwa w wysokości kilkunastu milionów złotych. Grozi im do 10 lat więzienia. Jeśli sąd prawomocnie uzna winę oskarżonych, Prokuratoria Generalna będzie mogła wystąpić o zwrot podatku VAT wypłaconego wydawnictwu Stella Maris.
