Do listopada 2008 roku 49-letni Chojnacki prowadził ŁKS, z którym związany był również jako zawodnik. Rozegrał w jego barwach 452 spotkania, co jest rekordem w polskiej lidze.
Jego zadaniem w Arce jest utrzymanie zespołu w ekstraklasie. Beniaminek zajmuje po 23. kolejkach jedenaste miejsce i ma 25 punktów, od strefy spadkowej dzielę obecnie Arkę trzy punkty.
