Atak wciąż wywołuje jednak wiele kontrowersji ze względu na ofiary wśród ludności cywilnej. Niemiecka gazeta "Sueddeutsche Zeitung" napisała 10 września, że - zdaniem NATO - niemiecki pułkownik Georg Klein, który wydał rozkaz bombardowania, przekroczył swoje kompetencje i błędnie ocenił sytuację. Według gazety, ze wstępnego raportu zespołu dochodzeniowego międzynarodowych sił ISAF ma jasno wynikać, że Klein nie postępował zgodnie z obowiązującą procedurą, dotyczącą rozkazów. Nie był upoważniony do podejmowania decyzji o takim znaczeniu bez konsultacji z kwaterą główną ISAF - miały twierdzić źródła w Sojuszu, na które powołał się dziennik. Według nich, wsparcia lotniczego - tzw. Close Air Support, przysłanego na rozkaz niemieckiego dowódcy - można zażądać tylko wówczas, gdy żołnierze zostaną uwikłani w walkę.
Akcję w Kunduzie skrytykowały w miniony weekend niektóre kraje europejskie, w tym Francja, Szwecja, która przewodniczy obecnie Unii Europejskiej, oraz Hiszpania. Krytyka wywołała irytację Berlina.
