Minister obrony zaznacza wyraźnie, że Nowakowskiemu należy się szacunek, ale resort nie może ponosić konsekwencji nieodpowiedzialnych działań autora raportu - Antoniego Macierewicza.
Warszawski sąd orzekł dziś, że Ministerstwo Obrony ma przeprosić Jerzego Marka Nowakowskiego za umieszczenie go w raporcie z weryfikacji WSI. Znalazł się tam wśród agentów, wykraczających poza obronność państwa i bezpieczeństwo wojska. To pierwszy wyrok nakazujący organowi państwa przeprosiny za treść raportu. Sąd nakazał też ministerstwu zapłatę 30 tys. zł zadośćuczynienia. Wyrok jest nieprawomocny.
W ujawnionym w lutym 2007 r. przez prezydenta RP raporcie podano, że jako konsultant WSI w 2002 r., pod pseud. „Falkowski”, Nowakowski informował m.in. o swym zaangażowaniu w SKL i PiS oraz spotkaniach PO i PiS przed wyborami samorządowymi. Nowakowski domagał się za to od MON przeprosin i 30 tys. zł zadośćuczynienia. Przyznawał, że był konsultantem wojskowych służb w latach 90., ale tylko w sprawach polityki zagranicznej.
Resort obrony twierdził, że nie jest właściwym pozwanym, bo komisja weryfikacyjna WSI, która przygotowała raport, nie podlegała MON. Toczy się kilkanaście procesów wytaczanych za raport ministerstwu lub ówczesnemu szefowi komisji weryfikacyjnej Antoniemu Macierewiczowi. Sądy uznają już, że Macierewicz nie może być, jako osoba fizyczna, pozywany za raport, bo był on dokumentem urzędowym, a wtedy pozywać można tylko organ państwa.