Wobec każdego kandydata sąd wszczynał procedurę lustracyjną z urzędu - a nie, jak w innych wypadkach, na wniosek Rzecznika Interesu Publicznego podejrzewającego czyjeś "kłamstwo
lustracyjne".
Postępowanie lustracyjne mogło się zakończyć albo uznaniem prawdziwości oświadczenia danej osoby, albo uznaniem jej za "kłamcę lustracyjnego". Wtedy byłaby ona skreślona z listy kandydatów.
Jeżeli kandydat sam przyznałby się do związków z tajnymi służbami PRL, jego oświadczenie zostałoby opublikowane w obwieszczeniu wyborczym; prawo nie zamyka takiej osobie dostępu do urzędu prezydenta.
Lustrację przeszli pomyślnie wszyscy kandydaci, którzy staną do wyborów: Marek Borowski, Henryka Bochniarz, Leszek Bubel, Włodzimierz Cimoszewicz, Maciej Giertych, Liwiusz Ilasz, Lech Kaczyński, Jarosław Kalinowski, Janusz Korwin-Mikke, Andrzej Lepper, Daniel Podrzycki, Jan Pyszko, Zbigniew Religa (zrezygnował z kandydowania), Adam Słomka, Donald Tusk i Stanisław Tymiński.