Opowieści o uwięzionych w watykańskich lochach papieżach były wielokrotnie wykorzystywane przez twórców literackiej fikcji. Źródła historyczne mówią jednak, że w podziemiach Watykanu znajdują się nie więzienia, a tysiące mogił. Wzgórze watykańskie, które dawniej mieściło się poza granicami miasta, od pierwszego wieku pełniło funkcję cmentarza. W większość grobów prawdopodobnie pochowano pogan. Znalezione w tym rejonie przedmioty świadczą, że czcili oni bóstwa egipskie, greckie, a także bogów starożytnego Rzymu.
W późniejszym czasie pojawiły się groby chrześcijan, z których wielu było ofiarami kaźni. Dokonywano ich chociażby na terenie dawnego cyrku Nerona, na obrzeżach którego stoi dzisiejsza bazylika św. Piotra.
Podziemia bazyliki podzielone są na dwie części. W niższej warstwie znajdują się katakumby z pierwszego wieku naszej ery. Ponad nimi położone są krypty z grobami papieży – tam spoczął także Jan Paweł II. Grób samego św. Piotra znajduje się w niższej warstwie. I choć legenda od zawsze mówiła, że apostoł pochowany jest w Watykanie, jego mogiłę archeolodzy zlokalizowali dopiero w ubiegłym wieku. Symboliczny grób św. Piotra znajduje się w zagłębieniu przed głównym ołtarzem bazyliki, a zwiedzający mogą go oglądać z poziomu kościoła. Wokół niego zbudowano kilka kaplic, które otwiera się tylko, gdy zorganizowana grupa turystów zechce tam odprawić mszę.
Oba poziomy podziemi są dostępne dla turystów. Jednak termin zwiedzania niższego poziomu trzeba zarezerwować kilka tygodni wcześniej, a zejście do katakumb możliwe jest tylko pod opieką przewodnika. Jest to teren trwających cały czas wykopalisk archeologicznych, dlatego zwiedzanie odbywa się w bardzo małych grupach. Wstęp kosztuje 10 euro. Bez żadnych opłat można za to wejść do krypt papieskich.