Mazur miał współpracować nie tylko z wywiadem cywilnym, ale także był też współpracownikiem Wojskowych Służb Informacyjnych, a ślady tej współpracy znajdują się w niejawnych materiałach dotyczących afery FOZZ.
Nieoficjalnie wiadomo, że wynika z nich, że Mazur obracał pieniędzmi wyprowadzonymi z FOZZ, a sumy te sięgały kilku milionów dolarów.
Edward Mazur zawsze kategorycznie zaprzeczał, by kiedykolwiek był związany ze służbami specjalnymi. Przeciwnie - sugerował, że to osoby wywodzące się z tych służb wrobiły go w zabójstwo Marka Papały.