Po zjednoczeniu Niemiec Wolf wielokrotnie stawał przed niemieckimi sądami. W 1993 roku uznano go winnym działalności szpiegowskiej i skazano na sześć lat więzienia. Jednakże Trybunał Konstytucyjny wyrok uchylił.
W 1997 roku Wolf ponownie zasiadł na ławie oskarżonych, tym razem za trzy porwania - tłumaczki pracującej dla władz amerykańskich, przyjaciela kanclerza Republiki Federalnej Niemiec Willy’ego Brandta oraz wschodnioniemieckiego uciekiniera, który po porwaniu spędził 10 lat w więzieniu. Markus Wolf został uznany winnym i otrzymał wyrok dwóch lat więzienia w zawieszeniu.
W swoich pamiętnikach wydanych w okresie procesu napisał, że wkrótce po zburzeniu Muru Berlińskiego dwóch oficerów amerykańskiego wywiadu zwróciło się do niego, proponując mu zmianę tożsamości i nowe życie w Kalifornii, w zamian za nazwiska niemieckich agentów.
