Logowanie do KSeF za pomocą Profilu Zaufanego jest utrudnione. O pierwszych problemach w związku z wejściem w życie Krajowego Systemu e-Faktur poinformowało Ministerstwo Cyfryzacji. "Pisaliśmy do ministerstwa, żeby odłożyć wdrożenie tego systemu. Przede wszystkim on jest bardzo źle przygotowany. Tam są rzeczy zupełnie kuriozalne, jak na dzisiejsze czasy. Na przykład system nie zapamiętuje danych, trzeba wielokrotnie wpisywać NIP, nie nadaje automatycznie numerów. To jest jeszcze większe kuriozum. To są lata 90., jeżeli chodzi o niektóre rozwiązania" – stwierdził w rozmowie z Michałem Zielińskim w Radiu RMF24 Cezary Kaźmierczak, prezes Związku Przedsiębiorców i Pracodawców.