Ten film rozpowszechnia błędne wyobrażenia o naszym kraju – grzmi peruwiański minister spraw zagranicznych Jose Antonio Garcia Belaunde i zachęca do bojkotu ostatniego filmu o przygodach Indiany Jonesa. Zdaniem ministra, producenci filmu, którego akcja rozgrywa się w Peru, nie zainwestowali w dobre przygotowanie naukowe.
W jednej ze scen, główny bohater informuje, że gdy uczestniczył w rewolucji meksykańskiej u boku słynnego Pancho Villa, nauczył się języka keczua. Tymczasem jest to jeden z języków oficjalnych Peru.
W filmie błędnie umieszczono nadmorskie miasto peruwiańskie Nazca, leżące 460 km na południe od Limy, w andyjskim okręgu Cuzco, odległym od stolicy o 800 km na południowy wschód, a w dodatku zilustrowano przedstawiające je zdjęcia muzyką meksykańską. Jones i jego syn Matt spotykają tam także ludzi ubranych w stroje andyjskie, chociaż Nazca leży na poziomie morza.
Bohaterowie ponadto znajdują w filmowym Nazca grobowiec konkwistadora Francisco de Orellany, który zaginął w 1546 roku w dżungli amazońskiej w odległości ponad 2000 km od tego miasta. Innym błędem zasygnalizowanym przez peruwiańskich miłośników kina jest natknięcie się przez bohaterów w samym środki Amazonii na cytadelę wyraźnie zainspirowaną motywami majanistycznymi, podczas gdy cywilizacja Majów rozwinęła się na półwyspie Jukatan, w obecnym Meksyku i Gwatemali.
Peruwiański minister złagodził swą krytykę konstatacją, że błędy są wynikiem ustępstw, na które zwykle idą autorzy tego rodzaju produkcji i porównał obraz "Indiana Jones i Królestwo Kryształowej Czaszki" do filmu "Troja" z Bradem Pittem, którego treść "nie ma nic wspólnego z Iliadą".
