Z braku cech przestępstwa prokuratura wojskowa umorzyła tajne śledztwo ws. związków szefów Wojskowych Służb Informacyjnych z nielegalnym handlem bronią w latach 90. W 2006 roku zarzuty w tej sprawie usłyszeli byli szefowie WSI - Konstanty Malejczyk i Kazimierz Głowacki.
Płk Ireneusz Szeląg, szef Wojskowej Prokuratury Okręgowej w Warszawie, poinformował, że sprawa ma charakter ściśle tajny i nie może podać żadnych szczegółów. Dodał, że decyzja została podjęta formalnie 14 czerwca i jest nieprawomocna - może się od niej odwołać szef MON oraz osoby wcześniej podejrzane.
Śledztwo dotyczyło "niedopełnienia i przekroczenia obowiązków w latach 1993-96 w celu osiągnięcia korzyści majątkowych przez osoby z kierownictwa WSI". Początkowo umorzono je w 2000 roku. Później podjęto je na nowo, a następnie wiele razy przedłużano. W 2006 roku zarzut korupcyjnego przekroczenia obowiązków służbowych postawiono dwóm byłym szefom wojskowego wywiadu i kontrwywiadu: gen. Malejczykowi - szefowi WSI w latach 1994-96 - oraz kontradmirałowi Głowackiemu, który w latach 1996-1997 był jego następcą. Przed warszawskim sądem rejonowym odpowiadają zaś agenci WSI oskarżeni o sam nielegalny handel bronią.
Sprawę ujawniła w 2001 roku "Rzeczpospolita", opisując nielegalne akcje z lat 1992-1996 z udziałem oficerów i współpracowników WSI. Broń z polskich magazynów miała trafiać za pośrednictwem cywilnych firm do państw objętych embargiem ONZ i do przestępców. Aferę wykryli w 1996 roku celnicy w Estonii, którzy przechwycili na granicy z Łotwą 1600 pistoletów. Ujawniony w lutym 2007 roku raport z weryfikacji WSI potwierdzał, że Służby handlowały bronią z mafią z państw nadbałtyckich i arabskim terrorystą. Raport podkreślał, że o nielegalnym handlu bronią szefowie WSI nie informowali ani ówczesnego premiera, ani prezydenta, a zyski miały być dodatkowym źródłem finansowania, nieujawnianym przed władzami.
