„Dość tej zabawy z Popiełuszką. Trzeba nim wstrząsnąć, żeby to było na granicy zawału - takie zdania, na trzy tygodnie przed zabójstwem związanego z „Solidarnością” warszawskiego kapłana, padły podczas narady w Departamencie IV Służby Bezpieczeństwa. Dokumenty opisujące osaczanie, inwigilowanie i prześladowanie księdza przynosi opublikowana przez Instytut Pamięci Narodowej książka pt. „Aparat represji wobec księdza Jerzego Popiełuszki”.
Sprawę Operacyjnego Rozpracowania o kryptonimie „Popiel” – bo tak ochrzczono akcję rozpracowywania księdza – rozpoczęto najpewniej w drugiej połowie 1982 r., a więc na ponad dwa lata przed zabójstwem. Najpewniej, bo jej akta zachowały się w szczątkowym stanie.
Ksiądz Jerzy Popiełuszko był inwigilowany przy pomocy co najmniej czterech tajnych współpracowników. Wśród nich byli duchowni – tu szczególnie aktywny był ksiądz Michał Czajkowski (TW „Jankowski”), a także osoby świeckie, jak np. blisko współpracujący z kapłanem działacz KPN Tadeusz Stachniak (TW „Miecz” i „Tarcza”). Księdza osaczano, podsłuchiwano, próbowano wiązać go ze sprawami kryminalnymi, ale też wszczęto przeciwko niemu śledztwo dotyczące nadużywania swobód religijnych. Inwigilacji poddawano też jego współpracowników, np. kierowcę, któremu SB próbowała nawet podpalić mieszkanie.
Jak wynika z książki, kluczowa dla późniejszych – tragicznych – losów księdza była narada oficerów SB, która odbyła się w ostatnich dniach września 1984 r. To w jej trakcie stworzono plan „przerwania wrogiej działalności księży”. W dwa tygodnie później oficerowie bezpieki po raz pierwszy próbowali zabić księdza, rzucając cegła w przednią szybę samochodu, którym jechał. Na samo morderstwo księdza, którego dokonano 19 października, książka IPN nie rzuca nowego światła – nie podważa oficjalnej wersji jego przebiegu, nie kwestionuje dyskusyjnej dla niektórych tezy, że ksiądz Jerzy Popiełuszko zginął w dniu porwania - pobity, a następnie wrzucony do Wisły z tamy pod Włocławkiem.
