Benedykt XVI pojawił się w oknie Pałacu Arcybiskupów Krakowskich i pozdrowił zebranych. Zanim jednak dotarł do kurii w papamoblie okrążył Rynek Główny. Na trasie przejazdu zgromadziły się tysiące osób.
Zgodnie z tradycją, jaka powstała podczas pobytów Jana Pawła II w Krakowie, zgromadziliście się przed siedzibą arcybiskupów, aby pozdrowić papieża. Dziękuję wam za tę obecność i za serdeczne przyjęcie - powiedział po polsku Benedykt XVI. Dalszą część wystąpienia tłumaczył już lektor. Na koniec jednak Benedykt XVI raz jeszcze zwrócił się do zgromadzonych po polsku – podziękował wszystkim za wizytę i poprosił, by zanieść jego pozdrowienie także swoim krewnym i przyjaciołom. Posłuchaj relacji reporterów RMF Macieja Grzyba i Marka Balawajdra:
Zanim papież dotarł do kurii okrążył Rynek Główny, gdzie czekało na niego około 15 tys. osób; wśród nich krakowskie kwiaciarki z biało-żółtym bukietem. Ale ludzie gromadzili się na całej trasie przejazdu – z podkrakowskich Balic do centrum miasta. Na Salwatorze papież przesiadł się z samochodu do papamobile.
Benedykt XVI wylądował na bocznym wojskowym lotnisku w Balicach o godz. 20.30. W tej samej chwili zabrzmiał dzwon Zygmunta. Pierwszy, ale nie ostatni raz. Dźwięk dzwonu będzie towarzyszył Benedyktowi XVI także podczas wizyty na Wawelu. Po raz trzeci zabrzmi - gdy papież będzie się żegnał z Krakowem.
Papież przybył do Krakowa z lekkim opóźnieniem - o 40 minut przedłużyła się bowiem wizyta Benedykta XVI w Częstochowie. Pobyt na Jasnej Górze i tak był bardzo krótki – trwał zaledwie dwie godziny. Benedykt XVI znalazł jednak czas na modlitwę przed jasnogórskim obrazem i spotkanie z zakonnikami.
Wówczas to przekazał paulinom 40-letnią złotą różę, dar od papieża Pawła VI; miał ją wręczyć osobiście 3 maja 1966 roku, ale komunistyczne władze Polski odmówiły mu zgody na przyjazd. Róża stanęła na ołtarzu. Przez pewien czas ta róża znajdowała się w Muzeum Watykańskim, ale Benedykt XVI podjął decyzję, aby tę różę niejako przywrócić Jasnej Górze – tłumaczy ojciec Robert Łukaszuk z częstochowskiego klasztoru. Podobną różę ofiarował klasztorowi podczas swojej pierwszej wizyty na Jasnej Górze w czerwcu 1979 roku Jan Paweł II. Wizytę w klasztorze obserwowała korespondentka RMF Agnieszka Milczarz:
Po godz. 18 rozpoczęło się nabożeństwo; uczestniczyło w nim około 300 tysięcy osób. Na częstochowskie spotkanie z papieżem nie obowiązywały żadne wejściówki. Błonia jasnogórskie były otwarte dla wszystkich, wyznaczono jedynie drogi ewakuacyjne - środkiem placu, pod wałami i wzdłuż parków.
Ale Kraków i Częstochowa to niejedne miejsce na mapie papieskiej wizyty na południu Polski. Benedykt XVI odwiedzi jeszcze Wadowice, Kalwarię Zebrzydowską i na koniec - były hitlerowski obóz koncentracyjny Auschwitz-Birkenau.
